В соответствии с приказом ФТС России от 16.04.2020 №377 с 18 июня 2020 года в структуре Южного таможенного управления создана Южная электронная таможня, которая до 15 сентября 2020 г. функционировала по временному штатному расписанию.
12 августа 2020 г. Ростовский таможенный пост (центр электронного декларирования) перемещен в здание Южной электронной таможни.
С 15 сентября 2020 г. Южная электронная таможня осуществляет свою деятельность по штатному расписанию, присвоен код таможенного органа - 10323000.
В соответствии с приказом ФТС России от 15 мая 2020 г. № 435 «О совершенствовании структуры Ростовской и Южной электронной таможен и внесении изменений в приложение к приказу ФТС России от 28 июня 2019 г. № 1067» Ростовский таможенный пост (центр электронного декларирования) переподчинен Южной электронной таможне и переименован в Южный таможенный пост (центр электронного декларирования), присвоен код таможенного органа – 10323010.