В 1996 году, во исполнение Федерального закона «Об оперативно-розыскной деятельности» от 12.08.1995 № 144-ФЗ начата серьезная реформа правоохранительной составляющей таможенной службы России.
В составе региональных таможенных управлений создаются 9 оперативных таможен, из которых приказом ГТК России от 08.07.1996 № 420 «О создании Северо-Кавказской оперативной таможни» одной из первых в России создана Северо-Кавказская оперативная таможня, на которую возлагались задачи организации развертывания оперативно - розыскной деятельности на региональном уровне, формирования управленческой вертикали по линии дознания и борьбы с нарушениями таможенных правил.
С момента образования оперативная таможня заняла ведущую роль в деле организации борьбы с таможенными правонарушениями в регионе. Подразделения таможен, подведомственные СКТУ и решающие правоохранительные задачи, стали находиться в оперативном подчинении Северо-Кавказской оперативной таможни.
С образованием оперативной таможни в ее состав вошёл специальный отряд быстрого реагирования (СОБР).
В настоящее время регион ответственности ЮОТ охватывает территорию Южного федерального округа.